SmartCS自身のTELNETクライアントから監視対象機器に接続している場合に、セッションを終了する方法を教えてください。

ポートサーバーメニュー切替文字コードを入力して、セッションを中断してください。
ポートサーバーメニュー切替文字コードを利用する場合は、あらかじめ、 set portd tty cmdcharコマンドの事前登録が必要です。
詳細は、取扱説明書「4.4.10章 その他のポートサーバー機能の設定」を参照してください。