コンフィグを、外部FTPクライアントに保存(バックアップ)する際に、設定した各ユーザーのパスワードは保存されますか。

はい、保存されます。
パスワードもコンフィグと一緒にスタートアップファイルに格納されます。
したがいまして、外部クライアントに保存する際もそのままパスワードも保存されます。

ただし、パスワードとして表示される内容は、セキュリティーのため変換された文字列となります。